《园艺研究》作者分享会第40期 | 12月20日:一作手把手教你使用多组学大数据分析和可视化的工具

联系人:王平发布时间:2023-12-21


一、主讲人介绍
苗奔奔
:厦门大学海洋与地球学院海洋生物技术专业博士在读,致力于海洋生物多组学研究、生物信息学方法与程序开发。作为Hiplot生物信息分析云平台(https://hiplot.cn),OmicsSuite多组学桌面端套件(https://github.com/omicssuite/),TOmicsVis转录组学可视化R包(https://github.com/benben-miao/TOmicsVis/)开发者,相关学术成果已发表于Briefings in BioinformaticsHorticulture ResearchiMetaAnimalsFrontiers in Marine Science等著名期刊。

董炜:中山大学附属口腔医院光华口腔医学院博士后,主要致力于单细胞多组学、T细胞免疫记忆研究和生物信息学开发。先后参与Hiplot生物信息分析云平台(https://hiplot.cn),OmicsSuite多组学桌面套件(https://github.com/omicssuite/)和TOmicsVis转录组学可视化R包(https://github.com/benben-miao/TOmicsVis/)的开发,以第一或共同第一作者在Briefings in Bioinformatics、Genomics Proteomics & BioinformaticsiMetaGenome Biology and Evolution等学术期刊发表SCI论文7篇,另在NatureCell、Journal of Clinical InvestigationPlant Biotechnology Journal等国际权威期刊参与发表学术论文9篇,谷歌学术他引700余次,H-index 10。

贺爽:海南大学热带农林学院硕士在读,致力于植物多组学研究、植物基因组数据库、生物信息学软件开发。开发DataColor软件(https://github.com/frankgenome/DataColor)、SCCGs_Prediction平台,相关学术成果已发表于Horticulture ResearchTropical PlantsNucleic Acids Research等期刊。

二、分享会时间
2023年12月20日晚上19:30-21:00

三、参与方式
扫码关注后添加编辑微信,获取【直播链接

备注:姓名+单位+HR



四、本次分享会主要内容
分享会分为三部分:
1. OmicsSuite和DataColor架构
2. 功能介绍+软件实例演示
3. 交流问答环节

OmicsSuite是一个定制化流程化的用于多组学大数据分析和可视化套件(GitHub仓库: https://github.com/OmicsSuite/,官网: https://omicssuite.github.io)。OmicsSuite包括的关键特征包括:1)用户友好的交互体验,方便的Demo运行按钮,Progress运行进度,完整的参数组件,以及表格和图像预览窗口。2)完美支持加密和运行Shinyapp独立应用,控制服务运行状态。3)全面覆盖多组学分析和可视化功能,特别是包含全面的代谢组学和单细胞分析工作流程。4)OmicsSuite支持读取大多数多组学原始数据,如LC-MS数据mzML格式、单细胞10x基因组学Chromium Matrix格式、以及Visium HDF5格式数据。5)提供了完整的基本可视化系统,对降维算法(PCA、PCoA、tSNE、UMAP等)和聚类算法(Kmeans、Hclust、AGNES等)的直观操作界面,以及SEM模型构建和评估系统。

DataColor是在利用丰富的色谱来表示不同的数据并促进识别数据集之间的相关性(GitHub: https://github.com/frankgenome/DataColor,figshare:https://figshare.com/account/home#/projects/169160,gitee:https://gitee.com/heshuang-linda/DataColor)。DataColor是一款专为用户便利而设计的软件,无需具备编程知识。用户交互体验友好,方便的File输入文件按钮、Run运行按钮,完整丰富的参数组件,和图像预览窗口。DataColor是一个强大的工具包,包含23 个不同的工具以及600 多个参数。集成包括数据聚类、规范化、‘Squarified’和可自定义参数等高级算法。DataColor支持多种输出格式,包括SVG、PNG、JPEG、PDF等格式。

阅读次数:10

返回原图
/